中美面對面之NGS腫瘤檢測試劑盒

NGS（高通量測序）在腫瘤領(lǐng)域應(yīng)用途徑主要為液體活檢，腫瘤基因的液態(tài)活檢，即是在人體的循環(huán)血液中檢測ctDNA (死亡腫瘤細(xì)胞上脫落釋放的小片段腫瘤基因)、循環(huán)腫瘤細(xì)胞（CTC）以及外泌體等的技術(shù)。它通過體外無創(chuàng)抽血即可對全身的腫瘤信息進(jìn)行檢測，非常適合于癌癥的早期診斷和精準(zhǔn)醫(yī)療。其中，腫瘤基因檢測是極為重要的一部分。

同種癌癥由于具有不同突變特征，對于不同的藥耐受性不一樣，因此有必要在用藥前進(jìn)行腫瘤基因突變的檢測，進(jìn)而確定最適合的治療方案；傳統(tǒng)上對于腫瘤基因突變是利用腫瘤組織活檢或手術(shù)取得的組織標(biāo)本進(jìn)行檢測，目前的研究表明，ctDNA中的突變與腫瘤組織的突變具有很高的相似性，對血液中ctDNA 的分析可以幫助醫(yī)生判斷病人腫瘤的突變類型，制定用藥方針。

腫瘤精準(zhǔn)用藥領(lǐng)域，液體活檢技術(shù)路徑主要包括PCR（尤其是ARMS-PCR）、基因芯片以及NGS等，其中PCR和芯片的優(yōu)勢主要在于檢測效率較高，成本相對較低，但主要劣勢在于只能針對特定突變位點(diǎn)進(jìn)行引物或者探針設(shè)計(jì)，有一定局限性；且檢測準(zhǔn)確度和靈敏度還有提升空間。而基于NGS的液體活檢可以使得檢測基因信息更為全面，盡管目前價(jià)格高于其他檢測方式。但是隨著技術(shù)的不斷提升，未來NGS將成為腫瘤精準(zhǔn)用藥領(lǐng)域的主流檢測方式?？偟膩碚f，檢測方式將會從單基因到大Panel，檢測平臺將會從PCR到NGS。

全球第一個(gè)NGS伴隨診斷試劑盒是2016年在美國上市。接下來，小編先盤點(diǎn)一下美國所上市的NGS檢測試劑盒。

2016年12月19日，美國食品和藥物管理局（FDA）批準(zhǔn)了Foundation Medicine公司的FoundationFocusCDxBRCA產(chǎn)品，成為市場上第一個(gè)基于二代測序（NGS）的伴隨診斷試劑盒。用于鑒定攜帶BRCA突變的晚期卵巢癌患者，并指導(dǎo)Clovis Oncology公司生產(chǎn)的PARP抑制劑Rubraca（rucaparib）用藥，該藥物適用于已經(jīng)用兩種或更多種化療治療并且攜帶有害的BRCA1和BRCA2基因突變的晚期卵巢癌患者。(注：一年后FoundationOne CDx獲批后，此款產(chǎn)品已經(jīng)被整合進(jìn)大panel中，不是主打產(chǎn)品，甚至官網(wǎng)上都沒有了詳細(xì)資料)

2017年6月23日，美國食品和藥物管理局（FDA）批準(zhǔn)了第二個(gè)基于NGS技術(shù)的伴隨診斷試劑盒Oncomine DX Target Test，此款產(chǎn)品由賽默飛世爾科技公司開發(fā)，可以檢測非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）患者中的三個(gè)基因的變異情況（BRAF，ROS1融合和EGFR突變），這是FDA批準(zhǔn)的第一個(gè)可篩查多個(gè)標(biāo)志物的腫瘤二代測序基因檢測。(注：原文有誤，其實(shí)是從病人FFPE的DNA和RNA中檢測23基因的突變)

Oncomine DX Target Test可以用來診斷阿斯利康的易瑞沙（吉非替尼）、輝瑞的ALK和ROS1抑制劑Xalkori（crizotinib），以及諾華公司MEK抑制劑Mekinist（trametinib）和抑制劑Tafinlar（dabrafenib）這4種藥物的最佳受試者。略顯遺憾的是，該產(chǎn)品并未覆蓋ALK融合基因檢測。

2017年6月29日，美國食品和藥物管理局（FDA）宣布批準(zhǔn)Illumina公司與安進(jìn)公司（Amgen）基于MiSeqDx二代測序平臺合作開發(fā)的伴隨診斷試劑盒——Extended RASPanel，可對KRAS基因和NRAS基因中的56個(gè)變異類型進(jìn)行分析，以確定患者能否受益于Amgen公司抗癌藥Vectibix（panitumumab）。(Vectibix于2006年9月首次獲FDA批準(zhǔn)，作為一種單藥療法，可用于具有野生型KRAS和NRAS基因的轉(zhuǎn)移性結(jié)腸直腸癌患者。)

2017年11月15日，美國FDA宣布，已批準(zhǔn)紐約紀(jì)念斯隆·凱特琳癌癥研究中心（Memorial Sloan Kettering CancerCenter，MSK）基于二代測序技術(shù)（NGS）的癌癥基因檢測分析平臺MSK-IMPACTTM，為癌癥基因檢測未來的學(xué)術(shù)研究及商業(yè)開發(fā)開創(chuàng)了先河，進(jìn)一步拓寬了個(gè)體化醫(yī)療的道路。IMPACTTM是一種體外診斷檢測，采用NGS測序，能夠快速鑒定468種腫瘤相關(guān)基因的突變以及其他分子變化。它能夠檢測腫瘤組織中的體細(xì)胞單核突變/插入/缺失以及微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI），該檢測方法準(zhǔn)確率高達(dá)99%以上，可檢測到的突變頻率為5%（2%-5%）；對于其他分子檢測（MSI），IMPACTTM與傳統(tǒng)方法檢測結(jié)果的一致性高達(dá)92%以上。這是FDA所批準(zhǔn)的首個(gè)基于NGS檢測的大panel多基因檢測方法，腫瘤測序分析獲得了越來越廣泛的應(yīng)用和認(rèn)可，通過特定腫瘤中的基因突變能夠有效的幫助醫(yī)生和患者做出更有效的個(gè)性化治療方案。

2017年11月30日，F(xiàn)DA批準(zhǔn)了Foundation Medicineqixia產(chǎn)品--FoundationOne CDx（F1CDx）用于泛癌癥臨床伴隨診斷，這是首款突破性的NGS伴隨診斷產(chǎn)品，能對任何實(shí)體腫瘤進(jìn)行診斷，在體外診斷領(lǐng)域具有里程碑式的意義。F1CDx覆蓋324個(gè)基因的遺傳突變以及兩類基因組特征，能夠高效檢測腫瘤基因的SNV、Indel、MSI以及TMB等。通過與FDA之前批準(zhǔn)的伴隨診斷對比，F(xiàn)1CDx的總體準(zhǔn)確率可達(dá)到94.6％。

截止到2017年，美國共批準(zhǔn)了5個(gè)NGS檢測試劑盒，其中最為轟動的便為斯隆凱特林癌癥研究中心研發(fā)的MSKCC-IMPACTTM 和Foundation Medicine研發(fā)的F1CDx，這兩種檢測試劑盒均為檢測多個(gè)基因，并且可以針對多種疾病。但是二者也有一些區(qū)別，其中F1CDx為伴隨診斷試劑盒，而MSKCC-IMPACTTM補(bǔ)充診斷試劑盒。

從美國FDA批準(zhǔn)的5中NGS檢測試劑盒來看，從最初的檢測單個(gè)基因，針對單個(gè)疾病，適用于單個(gè)藥物，到F1CDx檢測數(shù)百個(gè)基因，檢測多種疾病，適用于多種藥物。僅僅在一年的時(shí)間里，便發(fā)生了如此大的變化，這都源于NGS技術(shù)的不斷革新，市場不斷擴(kuò)大和消費(fèi)者的認(rèn)知不斷提高。

2018年7月23日，國家食品藥品監(jiān)督管理總局CFDA批準(zhǔn)了廣州燃石的人EGFR/ALK/BRAF/KRAS基因檢測試劑盒，這是CFDA批準(zhǔn)的中國首個(gè)基于NGS的腫瘤伴隨診斷試劑盒，在我國體外診斷領(lǐng)域具有里程碑式的意義。

2018年8月13日，國家食品藥品監(jiān)督管理總局CFDA通過創(chuàng)新醫(yī)療器械特別審批通道，批準(zhǔn)了諾禾致源人EGFR/KRAS/BRAF/PIK3CA/ALK/ROS1基因突變檢測試劑盒（半導(dǎo)體測序法）的III類醫(yī)療器械上市。該產(chǎn)品批準(zhǔn)用于檢測非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）患者腫瘤組織中與靶向治療密切相關(guān)的六個(gè)基因的突變狀態(tài)，篩選適合接受靶向藥物治療的患者。

國內(nèi)NGS檢測公司目前已提前布局大panel產(chǎn)品的注冊申報(bào)工作，未來還將推出更多產(chǎn)品。

燃石醫(yī)學(xué)的這款產(chǎn)品是2年前申報(bào)的，當(dāng)時(shí)NGS臨床數(shù)據(jù)不多，對NGS技術(shù)的認(rèn)可也不夠多，因此只涵蓋4個(gè)基因。隨著這2年間各個(gè)NGS基因檢測公司的崛起，大量各種用于科研和臨床的檢測項(xiàng)目的推出，已經(jīng)積累了足夠多的經(jīng)驗(yàn)和數(shù)據(jù)，因此預(yù)測下一步將會有NGS大panel(幾百甚至上千基因)的獲批。諾禾致源和其他NGS檢測公司也是如此，目前均已提前布局大panel產(chǎn)品的注冊申報(bào)工作，預(yù)測未來將推出更多產(chǎn)品。

總體來說，進(jìn)一個(gè)月以來的兩款NGS產(chǎn)品的獲批，使NGS檢測科研項(xiàng)目，通過國家層面的認(rèn)可和背書，逐漸像NIPT一樣，走向正規(guī)化。整個(gè)腫瘤基因檢測市場還處于市場培育期，接下來的2-3年內(nèi)，市場會爆發(fā)性的增長。資本的助推，CFDA的認(rèn)證將會改變中國腫瘤基因檢測的現(xiàn)狀。進(jìn)而將會產(chǎn)生一系列的效應(yīng)，如行業(yè)洗牌，這勢必導(dǎo)致“有證”的活下來，不規(guī)范的被淘汰。在這數(shù)十億甚至是百億級別的市場，避諱群雄逐鹿，最后也將會是個(gè)位數(shù)的幾家公司分別占據(jù)不同地區(qū)或細(xì)分領(lǐng)域并存活下來。

在這場激烈的競爭中，不僅有國內(nèi)的眾多“英雄”，更有國際的眾多巨頭加入。其中羅氏已經(jīng)全資收購Foundation Medicine，Illumina也投了很多NGS初創(chuàng)公司，賽默飛在醫(yī)院診斷領(lǐng)域的多年耕耘，三家肯定不會缺席中國市場的角逐。